Résumé : Nous débutons cet article de revue par la description brève de quelques maladies auto-immunitaires monogéniques, comme l’APECED et le syndrome IPEX, car elles permettent d’approcher les mécanismes fondamentaux de la tolérance au soi. Nous abordons ensuite, plus largement, les maladies autoimmunitaires complexes, en passant en revue les données récentes concernant les facteurs génétiques et environnementaux qui leur sont associés ainsi que leurs modes d’interaction, quand ils sont connus. La conclusion porte sur les implications pratiques de l’inhérente complexité du système pour le chercheur et pour le clinicien.